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張老師

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TET-重亞硫酸鹽測(cè)序(TAB-seq)

羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用

0755-28507994

產(chǎn)品介紹

羥甲基化5hmC是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基，在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復(fù)雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;

重亞硫酸鹽測(cè)序并不能區(qū)分甲基化5mC和羥甲基化5hmC，實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號(hào)，

TET輔助重亞硫酸鹽測(cè)序(Tet-assisted bisulfite sequencing, TAB-seq))通過(guò)對(duì)5hmC進(jìn)行糖基化保護(hù)(免受TET蛋白的氧化)，

而5mC和C被脫氨基成尿嘧啶，進(jìn)而可以從單個(gè)堿基水平鑒定5hmC。

用心服務(wù)每一個(gè)項(xiàng)目

專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年，提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;

較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測(cè)序技術(shù)的團(tuán)隊(duì)，國(guó)內(nèi)較早推出多種組合的解決方案;

嚴(yán)格的TAB-seq文庫(kù)構(gòu)建質(zhì)控，Bisulfite轉(zhuǎn)化率>99%;

已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測(cè)序及TAB-seq測(cè)序分析;

助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;

專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團(tuán)隊(duì), 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。

科學(xué)方案設(shè)計(jì)

從項(xiàng)目方案、樣本處理、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析;

每個(gè)項(xiàng)目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通，以保障高質(zhì)量研究成果。

樣本類(lèi)型和要求

樣本類(lèi)型/文庫(kù)類(lèi)型	樣本要求
基因組DNA (TAB-WGBS)	總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
基因組DNA (TAB-RRBS)	總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量
細(xì)胞、全血、新鮮冷凍組織等	按照送樣要求準(zhǔn)備
備注：用封口膜密封樣品; 干冰運(yùn)輸

信息分析

TAB-seq	分析內(nèi)容	備注
標(biāo)準(zhǔn)分析	1、測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估	過(guò)濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
	2、氧化率及亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化率評(píng)估	通過(guò)內(nèi)參進(jìn)行質(zhì)控文庫(kù)
	3、與參考基因組比對(duì)	比對(duì)率和覆蓋度分析
	4、5hmC位點(diǎn)Calling	評(píng)估胞嘧啶甲基化狀態(tài)
	5、5hmC圖譜分析	5hmC在基因組、功能元件上的分布
	6、組間差異DhMR分析	尋找DhMR及注釋
	7、差異5hmC基因分析	DMG富集分析GO，KEGG
	8、多樣本聚類(lèi)分析	PCA分析多樣本5hmC變化規(guī)律
高級(jí)分析	9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析	例如與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析
高級(jí)分析	10、其它定制化分析	結(jié)合課題背景亮點(diǎn)挖掘